Yazılım Mühendisliği Programının amacı, tıbbi teşhis ve tedavi uygulamalarından bankacılığa, mühendislikten sosyal bilimlere, telekomünikasyon uygulamalarından hizmet sektörüne, sanattan istatistiksel çalışmalara kadar tüm alanlarda yazılım problemlerini disiplinler arası bir çalışma ile çözümleyebilen mühendisler yetiştirmektir. Bunun için programın uzmanlık derslerinde, yazılım ürünü geliştirilirken önemli olan analiz ve tasarım süreçlerine ayrıntılı olarak odaklanılır; kodun yazılması, test edilmesi ve ürünün sürekliliğinin sağlanması aşamaları teorik olarak aktarılır.
“Avrupa 2020 Stratejisi” çerçevesinde gerek ülkemizde, gerekse dünyada bilişim sektörüne verilen önem nedeni ile Yazılım Mühendisleri çok aranan kişiler olacaklardır. Teknolojik gelişmeleri yakından izleyerek değişimlere hızlı şekilde uyum sağlayabilen yeni mühendisler hem hizmet sektöründe, hem de üretim sektöründe yazılım ürünleri geliştirmek üzere çalışabilirler. Ülkemizde son 10 yılda gerek e-devlet projelerindeki gerekse de özel sektördeki yazılımlardaki hızlı artış, yazılım piyasasında yetişmiş mühendis açığını ortaya çıkarmıştır.
Kırklareli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği bölümün avantajları; Marmara bölgesinde yer alması, Balkan coğrafyasına yakın olması ve özellikle Kırklareli ve Lüleburgaz çevresinde yer alan endüstrinin iyi yetişmiş Yazılım Mühendislerine ihtiyaç duymasıdır. Aynı zamanda Trakya Bölgesindeki tek yazılım mühendislği bölümü olmak bir diğer avantaj olarak sayılabilir.